La metereología de las zonas de montaña ha sido durante mucho tiempo uno de los campos más desconocidos de la ciencia que estudia el clima y los agentes atmosféricos, debido a la práctica ausencia de núcleos de población en comarcas o áreas retiradas poco accesibles.

En el Parque Nacional de Ordesa y Monte Perdido, con valles profundos que presentan grandes diferencias altitudinales con respecto a las cimas, la variable exposición de las laderas y, en definitiva, la complejidad orográfica de todo el territorio da lugar a una multiplicidad de variaciones climáticas dentro de la gama de climas de montaña que influyen directamente en la distribución de la vegetación del Parque. A grandes rasgos podríamos afimar que el territorio que nos ocupa se halla en un clima ciertamente continentalizado, determinado por su situación intermedia y distante entre los húmedos climas atlánticos y la seca influencia del Mediterráneo.
La presión atmosférica presenta una importante variación, pasando de un valor estimado medio de 725 mmHg en el ápice inferior del Cañón de Añisclo, hasta los 525 mmHg. de la cima de Monte Perdido. Esta variación de la presión influye ligeramente en los organismos de los excursionistas que remontan las zonas altas, pero también en los procesos de evapotranspiración de las plantas y líquenes de las cotas elevadas. Independientemente de estas variaciones, posiblemente también influido por los efectos de la radiación solar, la orografía y el suelo, se producen algunas anomalías en la densidad del aire que son lo suficientemente importantes como para crear unas miniperturbaciones que dan origen a situaciones meteorológicas que, a pequeña escala, producen fenómenos aparentemente anómalos dentro del contexto y la situación general del tiempo.

La radiación solar que llega a los niveles altitudinales subalpino y alpino, donde existe una atmósfera enrarecida, es rica en radiaciones ultravioleta de vital importancia para los procesos biológicos, por lo que se puede decir que en zonas altas se trata de una radiación solar muy activa. El suelo de la alta montaña, generalmente desnudo, posee una alta capacidad calorífica que le lleva a aumentar considerablemente su temperatura, alcanzando valores termométricos muy elevados -en ocasiones superiores a los 100º C.- que provoca fuertes tensiones interiores que pueden provocar la disgregación o ruptura de rocas. La radiación solar en las solanas -laderas de montaña de orientación sur de disposición casi perpendiculares a los rayos del sol-, es muy superior a la que produce el fondo de los valles donde los rayos solares inciden de forma oblicua. El contraste térmico es todavía mayor si reciben las laderas de umbría. La radiación solar posee más importancia de la que un primer momento se puede suponer: es la responsable de todos los acontecimientos metereológicos y, a partir del conocimiento de su influencia, pueden explicarse hasta determinado punto ciertos fenómenos condicionados por la misma, como es el caso de la distribución de la vegetación o el comportamiento de la fauna.

La humedad es una de las variables metereológicas en los climas de montaña, dado que se presentan grande variaciones en la humedad relativa entre el dia y la noche. Así, el vapor de agua disminuye conforme se gana altura, si bien la presencia de ciertos tipos de vegetación crea un clima especial y característico, tal y como sucede en los hayedos donde se cita un peculiar ambiente húmedo. En los glaciares y heleros, donde coexisten las tres fases del agua, los procesos de sublimación, evaporación y condensación presentan particularidades interesantes y poco conocidas. A consecuencia del efecto Foëhn, la atmósfera suele ser seca.
El valor de la temperatura se ha medido a partir de los datos obtenidos en las estaciones termométricas de la zona, dando para la zona del Parque Nacional los siguientes valores: en la mitad inferior del valle de Ordesa y en el valle de Pineta, la temperatura media primaveral ronda los 7ºC, la del verano los 17ºC, la del otoño los 10ºC y la del invierno 3ºC. En valles como Añisclo o Escuaín, la temperatura viene condicionada por el efecto de la inversión térmica. En general, los otoños suelen ser más suaves que la primavera debido a que el deshielo dura hasta bien entrada ésta última, si bien en el mes de septiembre pueden ya caer las primeras nevadas en las cumbres, aunque con escasa intensidad, lo que motiva su rápida fusión.
Las precipitaciones anuales oscilan entre los 1.200 mm registrados en el punto más bajo del Parque -Cañón de Añisclo- hasta las cercanas a los 2.000 mm. que se pueden registrar en cotas más altas. El régimen de precipitaciones cuenta con un máximo en la época cálida -con intensas tormentas- además de acusadas oscilaciones térmicas ligadas a la sequía del aire y al calentamiento diurno del suelo.