Los factores principales que condicionan el ambiente y desarrollo de la vegetación son: clima de montaña (efectos sobre humedad, temperatura, pluviometría, innivación, régimen de vientos), convergencia de influencias climáticas diversas (continental, mediterránea), altitud sobre el nivel del mar, variación geomorfológica (dirección de los valles, orientación, pendiente) y localización (solana/umbría, cumbre/ladera/escarpes), situación de la grandiente Norte/Sur, sustrato calizo y leve influencia humana. La vegetación del Parque se encuentra, pues, profundamente condicionada por la geomorfología el clima. Los valles profundos, las diferencias altitudinales, la desigualdad de exposición de sus laderas, la orientación, la complejidad orográfica del conjunto, unida a la simple y variada cobertura del suelo, dan lugar a una multiplicidad de variaciones climáticas que influyen en la distribución vegetal y animal de los terrenos del Parque. Todo ello conduce a un abigarrado mosaico de biocenosis, donde destaca el contraste entre el manto vegetal de los cañones y el de la amplia, desproporcionada e inhóspita plataforma superior, desarbolada, que contempla su desnudez en la soledad de millones de años. En el territorio del Parque existe una amplia representación de ecosistemas correspondiente a su extensión, diferencias de altitud y desniveles existentes (salto de cotas de 3352 metros a 700 metros, de 2652 metros en una longitud de casi 19 kilómetros y distribución de superficies: * Parte arbolada en cañones profundos: 18 % * Tasca entre los 1800 y 2500 metros 52 % * Superficies por encima de los 2500 metros 28 % * Superficies no contabilizadas: 2% Así aparecen tres grandes unidades de vegetación, de carácter submediterráneo, de carácter montano y de alta montaña alpina. Los bosques aparecen resguardados en el ambiente húmedo de los cañones y valles. Especies perennes y caducifolias se acercan a los 2000 metros, con la curiosidad de los «cementerios de árboles» en la banda final. Las altas mesetas y el piso alpino están cubiertos de pastizales, formaciones herbáceas «tascas». Más arriba debido a las condiciones climáticas extremas, aparecen especies adaptadas a vivir en las grietas de las rocas o en las gleras, ricas en endemismos. Los bosques presentan una estructuración máxima, con varios pisos y una estabilidad grande. Los hayedos y abetales se sitúan en el fondo de los cañones o en la umbría, donde la humedad es máxima. En algunas zonas privilegiadas, con aire fresco por viento de valle o suelo húmedo, coexisten tilos, fresnos, servales, arces, avellanos y abedules.
En solanas y crestas con poco suelo aparecen los pinos y las encinas bajo condiciones xéricas. El sotobosque es denso, de boj. En el piso subalpino abunda el pino negro asociado con rododendro/arándano y sauces enanos de montaña. Los pastos están integrados por comunidades en las que el papel principal corresponde a las Festucas y al Nardus stricta. Un conjunto variado de planas y flores les acompañan. En la zona alta, una vegetación insólita y numerosos endemismos se relacionan íntimamente con los fenómenos periglaciares que caracterizan buena parte del territorio del Parque. Destaca la vegetación que vive en el abrigo de las rocas (cantos, piedras, roca, cuevas o lapiaz) que presenta una de las mayores particularidades del Pirineo, ya que son ricas en especies endémicas, pertenecientes a taxones preglaciares, lo que contribuye a asegurar una individualidad de la flora pirenaica. Flora del Parque, también variada e insólita, que constituye un elemento florístico esencial, verdadero muestrario de flora singular. La lista provisional rebasa las 1500 especies y con las consideraciones de variedad y especie superará ampliamente las dos mil. La distribución de la vegetación manifiesta el entorno climático pero integra también la acción del paso del hombre. Existe una estrecha relación entre la intensidad de la presión humana y el aspecto cuantitativo y cualificativo de la alfombra vegetal. Los ejemplos en los territorios del Parque son evidentes, del paisaje humanizado de Escuaín, a las grandes zonas de pastos, el fondo del circo de Pineta o la pradera de Ordesa. Debe hacerse mención, sin duda, de la evolución de los paisajes vegetales, con influencia humana. El abandono de muchos pueblos y la caída de la población en general, la pérdida de valor y la demanda de madera, el descenso del derecho a la leña por parte de las sociedades de vecinos, ha modificado sustancialmente el paisaje agrícola y la presión humana y ganadera. Y ello ha redundado, en los últimos decenios, en un cambio sustancial del entorno vegetal con la declaración de espacio protegido. Interesante el conocimiento de la procedencia de las distintas especies. Las diferencias climáticas que se han sucedido a lo largo de los tiempos han permitido un núcleo florístico donde se interpolan influencias africanas, euro-asiáticas y atlánticas con otras centroeuropeas y alpino-boreales, lo que se refleja también en la variedad y peculiaridad de las especies existentes. Todo el territorio tiene un gran valor forestal y vegetal, en función de su diversidad y de la calidad del medio. La naturaleza ha sido pródiga en bellezas. Pero también en altitudes. En contrastes. En diversidad. En originalidad. Fenómenos de inversión térmica, por enfriamiento del aire por el agua del río y el encajonamiento del cañón, con alta humedad que hace posible el desarrollo de especies propias de una mayor altitud. Mientras, por encima, ambientes más cálidos permiten especies correspondientes a una menor altitud. Enclaves xéricos con influencia mediterránea, junto a otros de acusada continentalidad, en la solana de Escuaín. Y, en general, toda la gama que vá desde el pino silvestre, con boj, erizón, el más extenso, al bosque relictob y resudual de tejos de Bujaruelo. De la carrasca y el quejigo de la solana de Escuaín al bosque climax de abetos y hayas de la umbría de Pineta. Del pino negro con rododendro y arándanos de la Faja Pelay al solitario arce de la cumbre de Castillo Mayor. De los «cementerios de árboles», muertos de pie, a los bosques húmedos de abedul y tremoleta, o los fresnos, sauces y olmos de las riberas que en otoño una nota variada y multicolor. De la Pinguicula longifolia, endémica muy notable, a la rara Kobresia scirpina, reliquia de la época glaciar, con localización única. La larga lista de endemismos: Borderea Pyrenaica, Veronica Aragonensis, Geranium Cinereum, Potentilla Alchemilloides, Globularia Nana, Saxifraga Longifolia, Ramonda Pyrenaica, etc. De la belleza del gran bosque, a la de cada uno de sus múltiples detalles y matices.